6. Систематика бактерий

Классификация бактерий всегда вызывала определенные затруднения, а взгляды специалистов на нее очень различны. Именно этим обстоятельством объясняется большое число существующих классификаций. Первые попытки классификации бактерий основывались на использовании накопленных сведений о фенотипических признаках бактерий для построения традиционной системы в виде некоего "генеалогического древа" (Гусев, Минеева, 2003). Первоначально основное внимание уделяли морфологическим признакам, однако вскоре стало ясно, что этих признаков недостаточно для удовлетворительного распределения бактерий по таксономическим группам. Поэтому позднее для этой цели стали привлекать физиологические признаки.

Важным шагом в развитии систематики бактерий явилось использование признаков, дающих информацию о химическом строении клетки: состав оснований ДНК, аминокислотная последовательность белков, строение рибосом, компонентов клеточной стенки и т.д.

Однако, не смотря на предпринимаемые попытки, к настоящему времени не удалось создать сколько-нибудь детализированной эволюционной системы прокариот. Поэтому решение этой проблемы дело будущего. В настоящее время наиболее широкое распространение имеют две системы: первая изложена в определителе бактерий Берджи, вторая предложена микробиологом Н.А.Красильниковым. Определитель бактерий Берджи (Берги) выпускается периодически Обществом американских бактериологов с привлечением крупных специалистов в области изучения тех или иных групп бактерий. Первое издание определителя было выпущено в 1923 г. группой американских бактериологов под руководством Д.Х.Берги (D.X.Bergey). В определителе Берджи принят в основном эмпирический подход. В восьмом издании руководства, изданном в 1974 году, царство прокариот включает два отдела: цианобактерии (синезеленые водоросли) и бактерии. Отдел бактерий условно поделен на 19 групп (частей), различающихся существенными признаками. При этом, в одних случаях объединение в порядки и семейства проведено в соответствии со строго филогенетическими принципами, в других же -подбор носит случайный характер.

Для последнего девятого издания определителя бактерий Берджи, изданного в нашей стране двухтомным изданием в 1997 году, характерен отказ от построения иерархической системы классификации. Определитель построен только на фенотипических признаках, без попытки создать естественную классификацию. Все бактерии разделены на 35 групп, причем раздел "Группа" сопоставим с "Частью" в восьмом издании и "Секцией" в предшествующих изданиях. Признаки, по которым осуществляется разделение на группы, как правило, относятся к категории легко определяемых и вынесены в названия групп. Основная идея классификации по Берджи - легкость идентификации бактерий. Для реализации этого используется совокупность морфологических, культуральных и физиолого- биохимических признаков. Таким образом, девятое издание Определителя Берджи предназначено больше для идентификации бактерий, чем для их классификации. Система Н.А. Красильникова отличается от системы Берджи как принципом выделения, так и рангом некоторых таксонов. Царство прокариот состоит из двух отделов дробянки и цианобактерии. Отдел дробянок включает пять классов: эубактерии, миксобактерии, спирохеты, актиномицеты, микоплазмы. В отечественной фитопатологической литературе приводятся также системы классификации М.В.Горленко (1966) и В.П.Израильского (1968). В соответствии с системой М.В.Горленко все фитопатогенные бактерии относятся к классу Eubacteriae, порядку Eubacteriales. Порядок включает пять семейств. Основными признаками, положенными в основу деления порядка на семейства, являются форма бактериальных клеток, способность к активному движению, количество и расположение жгутиков, наличие или отсутствие спор. При разделении семейств на рода используются форма и цвет колоний, биохимические свойства (способность к образованию определенных пигментов, отношение к прижизненному окрашиванию красителями "окраска по Граму") и некоторые другие признаки.

Большинство фитопатогенных бактерий относится к родам Pseudomonas, Xanthomonas, Agrobacterium и др.